《幽靈公主》的背景是日本中世紀的室町時代，那時的人們為了躲避戰火與苛政，紛紛逃入深山建立家園，而破壞森林中動物們的生存環境。少年飛鳥是戰士一族的后裔，他為了保護村落，殺死了一頭豬神，而這頭豬神受到人類的迫害，已經幻化為邪神，邪神是自然界萬物對人類仇恨的化身，要人類抵償它所受的痛苦和冤屈，飛鳥身中邪神的詛咒，為了解咒，他攜同羚角馬一同前往麒麟森林，在旅程中，體現出彼此之間的感情，無論遇到什么困難，羚角馬都對飛鳥不離不棄，陪伴在他的身邊一起面對。飛鳥是正直善良，勇敢善戰的英俊少年，唯一一個被人類和山林一起接受的人，是本片重要的組織劇情的線索，一方面幫助城堡的人對抗敵人，帶消息給黑帽大人，一方面又與小桑并肩作戰，保護森林，保護山神獸。在這森林中有一座煉鐵工廠，黑帽大人是當中的首領，她是這部動畫中性格最為復雜的任務，她個性勇敢、果斷、強悍、干練、有點殘酷且崇尚科技，不斷開采鐵礦，冶金鍛造，研制火器，為此不惜與具有神異力量的生物開展。

盡管如此，但從片中個人的言論可以看出幻姬對下屬是十分照顧的。她是城堡中的靈魂人物，帶領男人們向山林作戰，又訓練出一班勇敢、有主見、敢言、有力量的女人，她們保護自己保護城堡，不依靠男人，在片中的男人都顯得較為無能懦弱。人類發明武器去征服自然、征服神明，只會制造更多痛苦和仇恨。女主角幽靈公主小桑，是白狼神的女兒，被人類拋棄，得到白狼的收養，從小在山林中長大，與狼群作伴，為保護森林甘愿向人類宣戰，然而野豬和猩猩并不認同她，既不能成為人亦不能成為野狼族，造成一個半人半獸的矛盾，正是小桑可憐之處。她與白狼神、野豬神以及生靈的守護者掌握生死的山神獸，為保護森林免受人類的破壞，雙方展開一場人神斗。山神獸是山森的保護神，大自然的主宰，在月下是通體透明的巨人，白天在森林中是類似四不象的動物，它的足下掌管了生命，所到之處會長出新的生命，同時它的呼吸掌握了萬物的死亡，可吸取生命亦可賦予生命。它對人獸之間的漠不關心，直到觸及它自身，才會化為魔神報復人類，在最后山神獸倒下時，飛鳥說“山神獸不會死的，因為它本身就是生命，掌握著生和死„”，從中可以感覺到大師將生命置于一種超然的，絕對的高度，所以才說無論如何，你首先得活下去，只要活著，就有出路，生命它將自己尋找到出路。野豬為向人類報復，無懼一切，明知不敵人類依然不怕犧牲，為榮譽而戰，是無畏的戰士，正如白狼說的“即使知道是陷阱，從正面進攻，是它的光榮”，這正是日本的武士道精神。猩猩本是森林中的智者，因為受到人的迫害，阻礙它們種樹，竟愚蠢到相信食人可以得到人的力量，不敢作戰，只在有麻煩時出來指責他人，兩者形成強烈的對比。片中可愛的樹精，代表了大自然的生命，當森林滅絕時，一只一只的樹精死去，形成一個觸動人心的畫面。人和自然不禁會令人想到“環保”的問題，雖然宮崎駿重申本片與環保無關，但在觀看的時候難免會想到大自然是美好的，而人類是丑惡的，黑帽大人在片中說過“比起幽靈，人類更加可怕”，但宮崎駿探討的并不止如此，人類追求生存與幸福的本能，就是與自然中其它種族沖突的來源，尤其人類開始有了科學技術，也是人類「盜火」后所無法避免的原罪。當人類在破壞自然風景時，并不全然只是資本家的欲望等鄙俗理由，如片中山區的鐵礦可以換白米而不致挨餓時，尤其宮崎駿在其中也是在描寫低下人們辛苦的討生活。飛鳥與鐵工廠的女工一同踩風箱，就是身為人類知曉這辛苦生存的道理。人類既與其他生物完全不同，不「掠奪」自然便無法爭取到豐沛的資源與文化，歷史的進展，因而雖明知與自然為敵將遭報復，甚至導致相互毀滅，可是持續開發仍是人類「正義」不可退讓的一環。環境絕不是單純以聲討人類的丑惡可以解決的，往往這是結構上的問題，這也是作者能帶領觀眾去看得更深入的所在。帶出了宮崎駿說的「自然與人類永遠不可能并存」的悲觀論理，片中多次強調“活下去”，而宮崎駿所疾呼的「活下去」，當然不是頌揚生命之尊貴與喜悅，而只能是留待后世產生解決這個永恒難題的智慧之前，不得不然的「忍耐與煎熬」。這與《風之谷》中的人道主義、理想主義有所不同。飛鳥與白狼神對話時，曾經問過“難道人類和自然不能夠共存嗎”?而類似的對話飛鳥亦問過幻姬，這正是片中的重要主題，人類破壞大自然，自然會付出更大的犧牲使一切回復原狀。盡管在自然被徹底毀滅前，飛鳥和小桑挽救了山神獸，使大地得以重生，一切都回歸自然，但正如小桑所說"這個自然已經不是原來的自然"，死里逃生的黑帽大人只是淡淡地說"一切只好重頭再來"，這其中多少包含著仇恨將要循環下去的含義。或許，宮崎駿為避免自己的絕對悲觀的思想影響普通的觀眾，結尾處他讓飛鳥對小桑說"你在森林，我在鐵鎮，我們一起活下去吧"--這不過是他無奈、苦笑著的一個讓步。而在片尾，在鋼琴的伴奏下，死寂的群山開始復蘇，一片生機盎然的樣子，最后看見一個小精靈在林中又開始晃動它的腦袋，不能不叫人感受到生命的偉大，一個意味深長，耐人尋味的的結尾。